Nukleinsäure-Design kann als die Umkehrung der NukleinsäurestrukturVorhersage betrachtet werden. In der Strukturvorhersage wird die Struktur aus einer bekannten Sequenz bestimmt, während in der Nukleinsäure-Konstruktion eine Sequenz erzeugt wird, die eine gewünschte Struktur bildet. [2] Da sich die Aufnahme von Krankheitserregern und abgestorbenen Zellen nicht grundlegend unterscheidet, ist es sehr wahrscheinlich, dass zusätzliche Mechanismen vorhanden sein müssen, um die Erkennung viraler Nukleinsäuren zu begünstigen und die Erkennung von Selbstkernsäuren zu verhindern. Mechanismen, die es dem angeborenen Immunsystem ermöglichen würden, zwischen selbst und viralen Nukleinsäuren zu unterscheiden, könnten auf den folgenden Merkmalen beruhen: (1) Wie oben beschrieben, enthalten die gesamten zellulären Nukleinsäuren genügend modifizierte RNA-Arten wie tRNA und rRNA, die die Aktivierung von endosomaler TLR in Gegenwart von stimulierender Selbstnukleinsäure wie mRNA hemmen; (2) Die Sequestrierung von zellulären Nukleinsäuren durch Bindung an zelluläre Komponenten kann die Bindung an endosomale TLR und/oder (3) die Rekrutierung von Nukleinsäure-sensibilisierender TLR in das endolysosomale Kompartiment verhindern oder ihre funktionelle Aktivierung durch Spaltung kann durch Gatekeepermoleküle reguliert werden, die PAMP und/oder DAMP ohne nicht infizierte tote Zellen oder DAMP ohne infizierte tote Zellen wahrnehmen. Die Beweise und die Auswirkungen der Existenz dieser Mechanismen und ihre Beteiligung an der Diskriminierung zwischen Krankheitserregern und Selbstnukleinsäuren werden im Folgenden erörtert. Einige modifizierte Nukleoside, wie m5U (Ribo-T) und Psi an den Positionen 54 und 55 der sogenannten T-Psi-Schleife, sind in allen Arten von tRNAs fast allgegenwärtig. Sie entsprechen in der Regel modifizierten Nukleosiden, deren Funktion darin besteht, den 3D-Kern der Nukleinsäure zu stabilisieren. Andere modifizierte Nukleoside sind einzigartig für einen gegebenen tRNA-Isoaktor, wie die Wyosinderivate, die ausschließlich an Position 37 der eukären und archaealen tRNA-Phe (siehe Kapitel von Urbonavicius et al.) oder Lysidin (k2C) in allen Bakterien und Organellen vorkommen. Sie befinden sich in der Regel in der tRNA Anticodon-Schleife, deren Funktion darin besteht, die genetische information in mRNAs zu entschlüsseln. Beachten Sie, dass die Verteilung der modifizierten Nukleoside der Antikodonschleife eindeutig „domänenspezifisch“ ist (Abb.

8). Darunter sind 5`-subdierte hypermodifizierte Uridine vom Typ Xo5(s2)U(m) und Xm5(s2)U(m), die an der Entschlüsselung der Zwei-Codon-Boxen beteiligt sind (in Kapiteln von Bessho und Yokoyama sowie von Weixelbaumer und Murphy diskutiert).